Die Inkunabelsammlung enthält mit den Einblattdrucken 1385 Titel in 988 Bänden.Es gibt über 1380 Wiegendrucke (Drucke bis zum 31.12.1500).Damit ist sie nach dem Bestand der Österreichischen Nationalbibliothek und der Universitätsbibliothek Innsbruck die drittgrößte unter den öffentlichen wissenschaftlichen Bibliotheken Österreichs.
- 771 Werke stammen aus der ehemaligen fürsterzbischöflichen Hofbibliothek
- 164 aus der Bibliothek der Bischöfe von Chiemsee
- 127 aus der Propstei Berchtesgaden
- einige wenige aus dem Kloster Mülln
- und der Bibliothek der Kajetaner
Der weitaus größte Anteil ist in lateinischer Sprache verfasst, 20 Wiegendrucke in deutscher Sprache sind erhalten, je zwei in italienischer, französischer und griechischer Sprache und eine Inkunabel in spanischer Sprache. Über 20 Inkunabeln sind mit zum Teil kolorierten Holzschnitten versehen.In der Gruppe der Frühdrucke befinden sich Druckwerke von 1501 bis 1536, die aktuelle Bestandsangabe beläuft sich auf 2744 Titel in 1632 Bänden.Zum Rarum gehören nach 1536 erschienene, besonders wertvolle und seltene Drucke bzw. aufgrund ihres Formates oder Einbandes „auffällige“ Bücher.Dabei handelt es sich zwar meist um ältere Drucke, aber auch teure moderne Faksimileausgaben sind Teil dieses Bereiches. Derzeit befinden sich etwa 350 Rara im Magazin der Sondersammlungen.